(一)增值税

    增值税是对商品流转过程中产生的增值额进行征税，属于一种流转税。独立核算的制造企业分支机构要在所经营的地区进行增值税就地缴纳，总分公司相互之间调拨货物，总分公司在同一个县(市)，且移送到收货方后对外销售货物，则这样的调拨货物增值税需要视同销售。单纯的总分公司内部调拨使用的不需要视同销售。总分公司在增值税上属于不同的纳税主体，二者纳税人识别号也不一样，分公司接受的专票不可以放到总公司抵扣，应各自抵扣自己的。此外，制造业总分公司的土地增值税要以立项或规划期为时间单位，由总公司进行缴纳。一般情况下，土地增值税税额较大，对于制造业总分公司而言存在着一定的税务风险。               

    (二)企业所得税

    制造业总分公司在运营的过程中产生的经营收入，除另有规定，总分机构的所得税实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法，汇总纳税不区分是否独立核算，总公司需要将各分公司的企业所得税进行汇总，按照税收规定的比例，在总机构和具有主体生产经营职能的分支机构分摊企业所得税，并在当地的税收部门进行缴纳。对于具有独立核算资格的分公司，如果无法向税务机关提供所得税分配表，分公司也无法证明自身身份的情况，分公司需要以独立纳税人身份缴纳企业所得税。成立分公司，最大的优越性在于既能扩大经营范围、增加产品种类，还可以通过汇总计算企业所得税，抵消掉总分公司之间的盈亏，同时充分利用总公司高新技术企业、小微企业等税收优惠政策，有效降低总分公司整体税负，并合理进行制造企业总分公司之间的税收筹划工作，压缩公司的经营成本。

    (三)其他税费

    根据消费税的相关规定，制造业总分公司不属于同一纳税地区的，总分公司需要分别向所在地税务机关进行纳税。

    制造企业总分公司房产税由产权所有人缴纳，并在房产所在地由当地税务机关征收。总分公司之间涉及房产税无偿租赁的由承租人缴纳房产税。产权出典的，由承典人缴纳。

    印花税方面，对于制造企业总分公司之间自愿订立、明确双方购销关系、据以供货和结算、具有合同性质的凭证，应按规定征收印花税;对于总分公司内部执行计划使用的、不具有合同性质的凭证，不征收印花税。因此，制造企业总分公司之间签订的具有合同性质的凭证，应当按规定缴纳印花税。