首先，从税法层面来看，总公司和分公司的关系为:分公司属于总公司的分支机构，它没有独立的企业法人资格，分公司的民事权利、民事责任一般由总公司承担。        

    其次，总分公司之间的联系取决于分公司的性质，性质不同决定了分公司税务是否独立核算。独立核算的特点是:在管理上有独立的组织形式，独立进行经营活动，能同其他单位订立经济合同，独立计算盈亏，单独设置会计机构并配备会计人员，并有完整的会计工作组织体系;非独立核算的特点是:一般由上级拨给一定数额的周转金，从事经营活动，本身不单独计算盈亏，所有的收益和成本都计入母公司账目，仅进行简易核算。需要注意的是分支机构采用“独立核算”或者“非独立核算”，是企业内部管理的要求，不是税务机关的要求。

    最后，总分公司之间存在购销业务，交易时需遵循几项原则:总分公司之间或各分公司之间的业务必须真实，如果没有业务的真实性，就构成了虚开开票;由于是强关联关系，业务真实性的背后是合理性，税务机关往往会关注业务是否合理，甚至包括业务的逻辑，如交易价格的约定、双方利润空间的设定等;总分公司之间除了开具发票，必要有完整的证据链证明业务的真实合理性，必要的证据链包括合同、付款、发票以及其他凭据，如货物的入库与出库手续等。