(一)财务内控制度不完善

    财务内控制度是财务管理当中不可或缺的部分。然而在事业单位当中，对于财务内控制度研究不够深入，自收自支单位也较少投入资金进行财务内控制度优化，最终致使自收自支单位会计基础比较薄弱，某些财务管理职权没有明晰，财务管理架构不健全等问题，使得财务内控对于财务管理的作用无法充分发挥。财务内控制度不完善还会使得财务管理业务流程不科学，对于财务管理各项工作的风险点无法进行识别;而且职责容易交叉，比如合同审查、签订都是由同一岗位完成，无法形成相互牵制的平衡局面。所以自收自支事业单位是否可以保证财务管理的独立运转主要在于财务内控制度是否完善。        

    (二)资产管理精细化程度不足

    自收自支事业单位由于资产管理由自己负责，但是对于资产管理欠缺精细化的管理方式，无法确保单位资产配置的高效，给自收自支事业单位带来极大的资产管理负担。资产管理精细化程度不足的原因主要体现在以下方面:首先是对资产管理缺乏重视，或者是各个部门资产混用，缺乏资产调用审批流程，造成单位资产管理混乱，许多资产的来龙去脉根本无法查清。其次是资产管理制度成为摆设，对于资产管理工具、流程并没有进行更新，使得资产配置作用无从发挥，造成资产管理和预算管理两者脱轨。最后是自收自支单位全员资产管理理念尚未成熟，比如某些办公用品超标准采购仍然被归为单位支出，不涵盖在固定资产账户当中。总之资产管理的精细化不足，使得许多资产配置并不高效，极易造成资产浪费，给自收自支单位带来不必要的损失。

    (三)预算管理执行不严格

    自收自支事业单位的财政收入支出预算管理执行并不严格，许多执行工作没有根据预算管理流程落实。尽管自收自支单位的财务管理工作纳入到预算管理当中，但是其仍然具有较大的随意性。主要体现就是预算管理执行缺乏有效的监督，尽管会进行预算编制工作，但是执行效果会大打折扣。所以自收自支单位预算编制制定后，在执行过程中需要监督体系作为保障，才能够将预算管理作用进行充分发挥。

    由于预算的编制，通常是根据自收自支单位历史数据进行编制，对于自收自支单位当期的财务、运营实际情况缺乏实际调研;在后续执行过程中预算管理结果与事业单位实际情况会存在较大的差异。事业单位往往为追求预算管理工作的落实，就会忽视其中的差异，为预算管理的发展埋下隐患。此外在预算管理执行过程中，自收自支单位的业务部门参与度不足，致使预算信息与业务部门所提交的预算信息实际情况不相符合，也是造成预算管理工作实施困难的重要原因。最后则是预算管理执行缺乏有效的考核机制，无法激发员工的积极性。

    (四)欠缺高效税务与财务统筹管理

    自收自支事业单位在财务管理当中，通常会以资金管理作为核心，并且资金利用效率也是财务管理效率的重要体现。但是多数自收自支单位的资金利用效率并不高，主要原因就是税务与财务统筹管理效率较低。资金管理当中，需要对收入、支出以及纳税资金进行综合管理，但是在营改增政策后，自收自支单位的税务管理也需要进行改革，对单位的税务、财务统筹管理形成极大的挑战。而且高效的税务、财务统筹管理需要现代化信息技术作为支撑，但是自收自支单位的信息化建设无法满足高效的税务、财务统筹管理体系的需要。