除了上述主要税种的容易产生税收优惠政策遵从风险外，滞纳金也是小微企业容易忽视的风险之一。滞纳金虽不属于税款，却产生于税款，虽不直接涉及税收优惠政策，但却影响企业享受税收优惠政策的效果。在企业税收优惠政策不遵从的情况下，如果不对滞纳金因素加以考虑，将会增加企业整体的税务风险。       

    T公司2016年取得12份发票被税务机关定性为虚开的增值税专用发票，其中5份曾在2017年被纳税评估中被判定为失控发票。认证失控发票是指，上游供货商开具增值税专用发票后，并未据此申报收入，但尚未被定性为虚开发票。税务机关当时己要求企业进行进项转出处理，并作相应的纳税调整，但T公司当时仅对增值税及附加税费部分作补缴，并未对相应的企业所得税部分作出账务处理，导致2021年被立案检查时，除了补缴企业所得税外，还需要补缴相应的滞纳金，相当于补缴了两倍的税款。此类型风险最为容易被企业忽略，大部分的小微企业认为收到税务机关的《责令限改通知书》对有问题的发票进行进项税额转出处理便完成了风险应对，但往往会忽略由此产生的企业所得税问题、当期抵扣税款所属期与实际转出税款申报期之间的滞纳金问题，并因此产生多缴滞纳金风险。