1、税务管理制度不完善

    部分高校在税务管理方面未能将税务管理理念与“数据治税”的新税收征管模式相结合，也没有及时修改和更新制度。在服务性收费管理的领域和环节上缺乏有针对性的流程和操作细则。由于服务性收费项目涉及面广、类型多样、情况复杂，增加了管理难度。同时，一些高校建章立制不到位，无法有效指导税务管理工作的开展和执行。          

    2、税务风险意识不强

    部分高校工作人员对税收风险管理的重要性认识不足，缺乏内部控制意识和风险防范意识。有时遇到理解不清晰或把握不准的问题，不是根据自身情况分析和判断，认为只要参考其他同类院校普遍做法，就能避免税务风险。高校应避免利用不透明、不对称的信息进行税收筹划，而且要避免因涉税业务处理不规范引发的潜在风险。同时，一些高校依赖外部检查来验证税务的准确性，削弱了内部税务控制的有效性。

    3、信息化建设滞后

    信息技术在一些高校的应用尚不充分，高校财务信息化建设偏重会计核算信息化，把税务信息化建设作为一个辅助模块。信息化建设滞后限制了税务管理的服务方式，导致税务资料存档查询难，收费信息准确性不高，服务响应速度慢，无法给师生提供多元化、便捷化的服务。服务性收费的税务管理涉及多个管理部门，由于各自独立运作，信息资源管理上存在数据口径不统一、质量参差不齐、系统不兼容的现象。高校税务管理在数据采集、存储、分析和应用方面存在不足，依赖大量的人工操作来完成，如业务与财务部门未能定期完成对账工作，就可能造成收费数据滞后。同时，高校税务管理在硬件和软件方面配备不足，缺乏必要数据加密、访问控制的安全措施。信息系统中存储了师生大量的个人隐私数据，如身份信息、交易时间等信息。如果内部人员因管理不善、操作失误导致敏感信息泄露，给个人和单位带来麻烦和损失。如果系统出现故障或瘫痪，可能会影响税务申报工作进而引发税务风险。

    4、缺乏专职的税务管理人员

    高校税务管理主要由财务管理部门负责，但是税务管理不是财务的核心业务，因此税务管理岗位可能被视为辅助性岗位，无法指定专人从事税务管理工作。加上岗位频繁轮换或调动时，新接手的人员可能需要一段时间来熟悉工作，会出现中断或停滞现象。

    5、服务性收费管理中常见涉税问题

    具体问题包括:第一，个别高校未按照规定的时间、金额、税目等开具发票，导致发票无效或被视为虚假发票。第二，存在非电子缴费方式。没有通过网上银行、手机银行等电子支付方式支付，未将所有收费统一到收费系统进行管理，增加了税务监管难度。第三，发票开具不规范。办税人员无法区分财政票据、税务发票等，在处理经济业务时可能选择了错误的票据类型，开错税目等，将一些营利性活动纳入非税票据进行管理。第四，未实现不相容职务的分离。如领票、开票、计税、申报岗位没有相互制衡，可能出现利用职权之便进行虚开发票等违法活动。第五，财务系统存在没有及时处理长期挂在往来账的收入，但实际上已经提供服务，这属于一种隐瞒收入的行为。一旦税务机关发现，除了补缴增值税税款，还会处以罚款。