对税务机关而言，交易费用指为了取得税收收入而在税收征管方面花费的成本，主要包括征收管理的成本和稽查成本。税务机关的交易费用主要受三种因素的影响，首先是主体因素，主要指税务机关自身的能力和素质;其次是客体因素，如企业的纳税意识和企业的经营效益等;第三是环境因素，主要指税务信息化水平、税务会计信息的形成途径等。本文认为，税务会计和财务会计是否分离正是影响税务机关交易费用的重要环境因素之一。              

    在税务会计和财务会计合一的模式下，由于税务会计只是财务会计的一个组成部分，没有自己独立的核算体系，也就无法提供纳税人全面的涉税信息，增大了税务机关进行税务征管和稽查的难度。如，我国现行的增值税会计处理是按照收付实现制原则进行，与当期销售的销项税额配比的是当期购进原材料所发生的进项税额，而不是当前实际用于生产消耗的原材料的进项税额，得出的结论必然与按照权责发生制核算的其他会计信息资料缺少可比性，从而削弱了会计信息的反映功能。因此，税务机关不能从利润表中的销售收入或毛利的会计信息中判断出企业是否合理计算了应纳增值税，这就给税收征管造成了相当大的难度，必然耗费较多的征管和稽查成本。而在税务会计和财务会计分离的模式下，一方面纳税人能提高涉税会计核算的质量，提高纳税申报的准确率，从而直接减少税务机关的征收成本;另一方面，完善的税务会计核算体系能为税务机关提供全面、准确、及时的企业纳税信息，有助于加强税收监控，提高税收风险的预警能力，为税务机关展开税务稽查提供便捷，从而大为降低稽查成本;更重要的是，由于企业税务会计资料完整且规范，税务机关的征收和稽查效率将成倍提高，从而为税务机关精简机构，为提高税收征管效率创造了最为重要的前提，大幅度地降低税务机关征税的交易费用。