根据前文分析可知，在不同的制度规则下，建筑企业的研发费用归集范围也有所不同，部分财务人员因其专业水平不高，在会计核算时往往会混淆以上三种归集范围。例如有财务人员核算研发费用时将企业管理层、人力资源部门、行政部门薪资都计入了研发人员费用中，也有财务人员在核算设备成本时将用于生产的设备成本费用计入直接投入费用中，还有财务人员在核算研发物资成本时，缺少必要的物资票据支撑，粗略地将物资成本预算计入直接投入费用中，这都会给企业带来较大的税务风险。同时部分施工企业辅助账设置不全面、不规范，税务机关和加计扣除政策要求申报享受加计扣除优惠的企业在申报前应全面、细致地归集核算研发项目可加计扣除的各项研发费用，同时对不同研发项目和不同研发方式的项目费用，分别设置辅助账，但实际上部分企业在设置辅助账时，往往依照自主研发标准设置记录辅助账，很容易在税务核查时士曾大税务风险。    

    另外，部分施工企业研发费用核算不规范也是造成税务风险的主要原因。一般来讲，研发支出包括研究阶段支出和开发阶段支出，研究阶段支出会计核算时应全部费用化，计入当期损益，而开发阶段支出核算时，应首先判断该支出是否符合资本化条件，如果符合，应将其计入无形资产成本，如不符合，应将其计入当期损益。这就要求相关人员在研发活动前就要确认研发项目所产生的无形资产在开发阶段是否符合资本化条件，以保证会计合算的真实性和准确性。我国会计准则中指出判定研发支出无形资产资本化五大标准为:其一，无形资产研发成果可以使用、出售或技术上有可行性;其二，企业管理层具有无形资产研发成果使用、出售的意图;其三，有足够的资源支持该无形资产研发活动，同时有能力使用、出售该无形资产;其四，证明其有用性;其五，无形资产开发阶段支出能否准确计量。但在部分建筑施工企业会计核算中，财务人员对研发项目无形资产的判定不规范，将一些本该资本化处理的支出计入费用化支出中，虽然能简化会计核算工序、减少应缴税款，但同样也会导致企业研发项目财务数据失真，增大税务风险。