依据《中华人民共和国企业所得税法》《中华人民共和国企业所得税法实施条例》《高新技术企业认定管理工作指引》以及税务机关税收要求，建筑施工企业通过高新技术企业认定后在享受研发费用加计扣除政策时，应依照既定流程完善研发项目管理工作。在研发项目立项时，不仅要与相关研发单位签订委托、合作研发项目合同，还要将技术合同交由科技主管部门审核登记，未申请认定登记和未予登记的技术合同，不得享受研发费用加计扣除优惠政策。     

    登记后，企业财务部门还需专门设立会计科目(研发支出项目及其子项目)和研发费用辅助账;在研发活动期间，应对研发支出进行会计核算，同时依据有关凭证填制研发费用辅助账;在年度总结时，填报《研发支出辅助账汇总表》作为财务报表附注报送税局;在汇算清缴时，填报《研发项目可加计扣除研究开发费用归集表》，收集准备留存备查资料，向主管税务局备案，进行企业所得税汇算清缴年度纳税申报，申报享受相应优惠政策;在汇算清缴后，留存以上整个过程中的有关材料，以便税务机关后续查访管理”。然而我国部分建筑企业管理模式粗放，项目研发资料填写、存档不规范，多数关于项目研发进度、项目研发经费预算以及项目研发基础等的说明都过于简单，无法为税务机关提供有效资料，导致其无法享受到加计扣除税收优惠政策，也有部分企业对研究开发费用税前加计扣除政策认知深度不够，在登记备案时，仅提供合作研发项目合同，没有提供委托研发项目合同，导致这一部分研发费用无法享受到优惠政策。