军工科研院所因其所处行业的特殊性质，收入来源主要为军品销售收入和财政拨款，面向市场取得的应税收入占比较低。同时军工科研院所在之前的税务政策中流转税和所得税环节可按军品免税或不征税收入进行税务处理，税负相对较轻，税负成本占总成本比重不高，导致其对于税负成本的管控意识薄弱，对税务管理的认识不足。                      

    但从2022年1月1日起，财政部、国家税务总局调整军品的免税政策，军品销售合同按规定缴纳增值税，军工科研院所军品销售相关业务流转税大幅增加，税负成本加大。同时，随着军品竞争择优、市场化竞争模式的不断推行，形成成本优势是军工科研院所在竞争中得以立足的重要条件，通过税务管理来降低税负成本的重要性也逐渐显现出来。

    (一)税务管理意识薄弱

    长期以来，军工行业市场化竞争相对其他行业有所弱化，且其经费来源中有不征税收入以及相关的税收优惠政策，税负成本较低，税务管理的作用尚未体现。但随着相关税收优惠政策变化，军工科研院所的税负不断增加，成本加大，而大多科研院所仍保持以往的管理模式，停留在财务人员单一考虑各项业务，按时完成要求的各项纳税义务申报和纳税，没有从单位总体的角度出发，立足于当前大环境的变化，深入了解国家相关税收制度和政策，对各个税种和各类业务进行梳理，也没有意识到税务管理对于优化资源配置和推动单位发展与市场经济相结合的重要性。

    (二)税负风险较大

    军工科研院所在军品销售合同取消免税后，面临增值税税负上升的风险。要求军品销售按照13%来计算销项税税额，研发和技术服务按照6%来计算销项税税额。但军工科研院所大都具有研究属性，属智力密集型行业，不同于其他生产企业，外购材料成本较少，更多的表现为人工成本、固定资产折旧和管理费一类间接费用，此类成本占比较高，但由于这些成本产生于内部，无法获取外部可抵扣的进项税凭证。同时部分军工科研院所大型固定资产较多，建筑物、科研设备使用年限通常较长，成本中不得作为进项抵扣的固定资产折旧较高，且部分属于营改增之前购置的，因购置时未缴纳过增值税，“营改增”以后也不得抵扣，最终导致销项税额增大，而可抵扣的进项较少，军工科研院所增值税税负整体增加，面临着较大的税负风险。

    (三)会计核算风险增加

    军工科研院所因其与国家安全息息相关，部分经费来源于财政拨款，同时也兼有军品销售收入、技术服务收入等。财政补助性质的收入，在增值税中与销售收入或数量直接挂钩的需缴纳增值税，其他的财政补贴收入不征收增值税;在企业所得税中财政拨款属于不征税收入。此类经费来源属于非税收入，其对应项目所发生的支出形成的进项税额不得抵扣，成本也不能在计算企业所得税的应纳税所得额时扣除。而其他军品销售、技术服务等收入，需缴纳增值税和企业所得税，同时也能在进项抵扣和计算应纳税所得额时进行扣除。军工科研院所的收入中包含了非税收入和征税收入，在日常的会计核算中，就需明确区分不同的经费来源，运用会计科目、业务科目以及项目分类等对其分别进行核算，对应的成本进行分类归集，以实现在缴纳增值税时能够区分可抵扣和不可抵扣的进项税额，以便于在计算企业所得税时能够准确得出应税收入和应纳税所得额。这也导致了会计核算的难度和精细化程度极大提高，对会计核算的要求更高，所面临的核算风险也相应增加。