1.依据和目标不同。财务会计的依据是财务通则、会计准则及其它有关会计制度。它通过记录经济业务，编制资产负债表、损益表、财务状况变动表等，反映企业财务状况、经营成果，并将这些报表报送给投资人、债权人以及与纳税人经营有关的其他人，为这些会计信息使用者提供决策的有用信息。税务会计是按照税法的规定来核算企业收入、成本、利润和所得税的核算系统，它通过记录、计算、检查等专门方法，保证纳税人按照税法的规定纳税。税务会计主要编制纳税报表及各税种明细表，列明应交税款、未缴税款、退税款等内容，并将这些报表报送税务机关及投资者、经营管理者，为其提供纳税的有关资料，从而保证财政收入，调节经济。                 

    2.核算原则不同。财务会计以权责发生制为核算基础，以应收、应付作为确认收入和费用的标准，通过收入和费用恰当配比，合理确定各期经营成果，使会计信息更为准确、相关和适用。税务会计主要以收付实现制为核算基础，其收入、费用的确认标准是现金的实际收入或付出，比应收、应付的标准更为客观和确定，操作简便，又可防止纳税人的偷漏税行为。

    3.核算对象不同。财务会计核算的是纳税人所进行的经营活动中能够用货币表现的各个方面。从会计要素来看，包括资产、负债、所有者权益、收入、费用、利润，最后编制财务报表，反映纳税人的财务状况和经营情况。税务会计核算的是纳税人所进行的经营活动中有关税收的方面。如计税依据、销项税款、进项税款、应纳税款的计算，缴纳的核算、退补税款的核算等，最后编制纳税报表。如果计算的会计销售、收益与纳税销售、所得不一致，在纳税报表中应适当列出分离项目，以满足税务部门的需要。

    4.会计要素和等式不同。一般来说，财务会计有六大要素，即资产、负债、所有者权益、收入、费用和利润，这六大要素是并列的，并无主次之分，都是会计对象的具体化，财务会计反映的内容就是围绕这六大要素进行的，其构成的会计等式为:资产=负债+所有者权益，收入一费用=利润。税务会计四大要素为:应税收入、扣税费用、纳税所得和应纳税额，其中心是应纳税额，其他三个要素是为计算应纳税额服务的，这里的应税收入、扣除费用与财务会计中的收入、费用在确定的范围、时间、计量标准与方法上都可能发生差异，构成的等式是:应税收入一扣除费用=纳税所得;纳税所得x适用税率=应纳税额。

    长期以来，我国实行财务会计与税务会计合一的会计制度，即税法对纳税人财务会计所反映的资产、收益和费用等的确定产生直接的影响，这一模式的形成源于我国长期实行的高度集中的计划经济管理体制。这种模式对我国的经济发展曾起了一定的作用。但随着我国经济体制改革的深入，它暴露出极大的局限性，尤其是1993年我国会计改革的展开，1994年新税制的出台使合一会计模式的弊端充分暴露出来，更体现了进行改革，实现二者分离的必要性。