1、存在着进项抵扣不足的问题

    在采用增值税计税下，建筑企业的税率为11%，与原先采用营业税计税下的税率高了八个百分点，虽然说税率增加了，但是二者所采用的计税依据是不一样的，在采用增值税下，是可以借助于进项税额的抵扣来降低企业的税负。对建筑企业来说，大部分的工程项目建设中，可以抵扣的项目比较多，比如说各项建设材料、钢筋等等。不过建筑企业特别需要注意的一个问题就是要加强对增值税发票的管理，进行进项税额抵扣的重要前提是要有增值税专用发票。从实际中来看，建筑企业进项税额的抵扣问题比较突出，影响着企业的效益。首先，是企业的人工成本无法进行抵扣的问题，建筑企业属于劳动密集型企业，拥有着庞大的企业员工，人工成本支出占据着总成本的20%，在一定程度上加大企业的税负。其次，是有一部分建筑材料的供应商属于小规模纳税企业，就无法取得增值税专用发票，也就无法实现进项税额的抵扣。最后，在建筑项目建设过程中，普遍存在着层层转包、中标下浮等问题，也会不利于进项税额的抵扣。          

    2、纳税地点的确定问题

    建筑工程项目是一件复杂的工程，工期长，施工过程中容易受到多种因素的影响，建筑企业具有流动性，普遍存在着跨地区经营的现象。在以增值税税种征税的背景下，特别需要关注的一个问题就是建筑企业的纳税地点与其归属的问题。在营业税改增值税以后，在纳税地点的确定上需要特别注意，表明是机构所在地还是劳务发生地进行纳税活动。如果以劳务发生地作为纳税地点，施工企业需要不断提升自身的会计核算能力，提高核算的规范性，来满足增值税下的要求。如果选择以企业机构所在地作为纳税地点，由于建筑企业无法及时地掌握建筑施工的全过程，对施工企业的进度、财务状况等控制能力不高，难以发挥出监管的作用，也会加大企业纳税筹划的风险。在增值税下，建筑企业纳税地点的确定在一定程度上与政府的税收息息相关，建筑企业所缴纳的税收在政府税收中占据着重要的比重，税收的归属问题也会影响到当前政府的财政收入。