1、财务指标本身的局限性

    企业财务指标本身在一定程度上能够反映企业的财务经营状况，但是财务指标不能反映企业的全部生产经营状况，因此在此基础上建立起来的税务分析也只能发现企业的部分问题。如企业的财务指标反映的是企业过去一段时间的经营状况，当税务分析在利用这些数据时，如果没有考虑通货膨胀和物价水平，这将很大程度上影响税务分析的真实性。     

2、基础数据的真实性

    基于企业财务指标分析的税务管理，是建立在企业财务数据的基础之上的，只有真实的财务数据才能得出真实的税务分析结果。税务分析本身是无法判断企业财务数据的真实性的。如果企业存在几套账目的话，那么企业的税务分析是无法反映企业的真实税务状况的。因此，一定要关注企业财务数据的真实性和有效性。

3、分析人员素质的局限性

    当前的税收分析人员大多是会计出身，对会计知识十分了解，但单一的会计知识是无法达到税收分析的要求的。税收分析要求分析人员掌握财务管理知识、数理统计知识、金融知识等跨学科知识。并且不同的税收分析人员的背景知识不尽相同，会导致对相同的财务指标得出不同的分析结论。因此，加强税收分析人员的培训，提高相关人员的综合素质，才能使税收分析结果更加合理。