房地产企业在工程阶段的所得税税务筹划主要是基于工程项目的运营成本。房地产工程项目的开发时间通常较长，工程前期要报批建筑材料费用及对土地的占用，后期主要就是工程的成本费用。在房地产企业的工程前期，要针对地段的开发进行一定税费的缴纳，这些税费主要包含契税、耕地占用税和印花税，在这三种税负中，契税和印花税是依据土地的转让款项来进行缴纳的，是基本无法对其进行税务筹划的，所以重点就放在了耕地占用税上。耕地占用税指房地产工程开发占用耕地所要缴纳的税款，其通常情况下是定额缴纳，缴纳标准是房地产企业在楼盘开发过程中对耕地占用的面积及占用的耕地地段的经济发展程度。      

    对于耕地占用税的税务筹划，要先依照当前国家关于耕地占用的相关法律进行申清，再通过分析计算进行耕地占用税的缴纳。此时要注意，房地产企业在使用工程投资款项时要明确当前的政策措施，确认这笔投资款项的出资方是房地产企业自身还是地方的国土规划部门，如果承担方是国土规划部门，那么就需要签署相应的手续，之后再进行税费的缴纳，如果出资方是房地产企业自身，那就在统一需要缴纳的税费里进行扣除。基于我国耕地占用税缴纳的特点，其会因地方规定的税率标准不同和耕地土体的差异而有所不同，因此在进行耕地占用及耕地税缴纳之前，房地产企业要派遣专业人员进行实地考察，并参与整个投资过程。在这个过程中，要与自然资源部达成共识，确认这片土地已从耕地变为了城市建筑用地，并进行规定的审批手续，房地产企业也要在对耕地周边环境进行及时了解后，确认需要缴纳的税费项目。

    在土地确定以后就进入了施工阶段，在这个阶段，房地产企业所承担的税负相对较少，主要是印花税和代扣代缴的个人所得税，但这个阶段的税费缴纳会直接影响到后续的土地增值税和房地产企业所得税的缴纳。施工阶段的成本主要来自工程款、安装费、公共设施费等。这个时候的投入成本直接对最终的企业利润有直接影响。

    施工阶段的税务筹划要注意税负的合理分配，对于各项施工材料的购买可以通过发票单据进行证明从而扣除，保障在施工过程中能将一部分的利息划归到成本之中。对于精装修的房屋，要将毛坯房利润和装修利润分别进行计算，如果发现装修部分的毛利率过高可以实施外包手段。在楼盘取暖和各项信号网络设施上，应当明确这样的代收代缴会对整体房地产开发工程带来的税费影响，如果对工程的整体成本造成了影响，可将代收代缴工作交由物业部门。如果在预告过程中已经获得了商品房的认证许可，那么后续不能使用土地证作为贷款依据，但这种措施增加了房地产企业的税务筹划难度，因此要针对这种状况进行一定的调整，利用时间差完成还贷工作。