(一)税收核算方式复杂化

    在营改增之前，营业税属于价外税，增值税则属于价内税，价款与税款的准确分离对于初步实行营改增的企业具有一定的难度。增值税的核算要严格区分纳税人的种类，分别适用不同的税率，涉及到进项税额的抵扣等问题，核算难度相较之前大大增加。由于行业的特殊性，工程施工企业的经营区域往往不局限于某一固定的地区，而是趋于分散化，从获取增值税发票认证再到抵扣涉及到多个环节，过程较为复杂，执行难度有所增加。随着会计账务处理工作量的与日俱增，相关财务人员对增值税核算的处理并未完全熟练，给企业的税务管理带来了挑战。       

    (二)发票管理工作的复杂化

    营业税只需对普通发票进行管理，管理工作相对简便。营改增后，我国税法对增值税的抵扣细则有明确的规定，企业应根据所取得的专用发票进行进项税额的抵扣。企业与小规模纳税人交易，取得的是增值税专用发票，而与一般纳税人交易，获得的是专用发票，发票种类趋于多样化，影响了企业进项税额充分、有效、及时的抵扣，管理工作需要更加细化，也需要充分掌握增值税关于发票管理的相关规定，更需要完善的税务管理系统加以辅助。

    (三)涉税风险的增加

    工程施工企业全面执行营改增政策，会增加企业的涉税风险，给企业的税务管理带来新挑战。与营业税大不相同，增值税从发票的开出到发票的获取、从税款的核算到税款的申报、从税款的抵扣到税款的缴纳，各个环节的规定相较于营业税其复杂化程度和多样化程度都大大加强，任一环节包括税率的确定、税收优惠政策的选用等疏漏都会增加企业的涉税风险，不利于企业的持续经营和稳健发展。