健全的施工企业会计核算、税务处理制度是企业享受研发费用加计扣除优惠政策的前提。为此，建筑施工企业管理者要在深入了解最新政策的基础上，组织研发部门、财务部门就研发项目费用管理严格制定管理制度，以确保施工企业研发费用会计核算和税务处理符合国家优惠政策和税务机关的要求。例如，当研发人员参与到施工企业其他生产经营活动时，财务部门应详细、全面记录研发人员参与研发项目工作和其他工作的工作时间和考勤记录，以合理计算出研发项目活动的人员人工费用伙当某机器设备既被用于研发项目活动，又被用于其他生产经营活动时，要根据无形资产分配利用情况合理归集设备折旧费用。       

    同时建筑施工企业财务人员还要完善研发费用辅助账制度，以避免税务风险，第一，合理设置辅助账科目，依据不同的研发年度和委托、合作等不同研发形式对研发项目进行详细划分，以确保其后续税务处理符合研发费用加计扣除政策要求。第二，建立研发费用辅助账审核制度，定期核查辅助账、会计账和纳税报表，避免人为失误出现数据错误，以保证辅助账数据记录的准确性。第三，健全研发部门、财务部门协调沟通机制，财务人员要依据研发部门提供的研发项目费用原始凭证以准确归集、记录实际研发费用。除此之外，建筑施工企业还应加强研发项目申报立项一一享受研发费用加计扣除政策期间所产生的有关资料的备存管理。避免因备案材料及留存资料缺失，而无法通过税务机关的核查，给企业带来不必要的税务风险。